Finska Missionssällskapets verksamhet finansieras av församlingarna inom Evangelisk-lutherska kyrkan i Finland. Missionssällskapet får därtill stöd av kristna organisationer. Utrikesministeriet ger även programstöd för utvecklingssamarbete samt fred- och försoningsprojekt. Stödet från privatpersoner är mycket viktigt för Missionssällskapet.
